Kylämäkeä ympäröivät niityt, kedot ja hakamaat ovat merkki ihmisen ja luonnon pitkästä rinnakkaiselosta. Näitä perinnebiotooppeja hoidetaan laiduntamalla ja niittämällä. Alueilla tehdään myös kasvillisuuskartoituksia säännöllisesti – niiden avulla seurataan lajiston kehitystä.

Puutarhoissa ja museorakennuksissa ylläpidetään vanhoja koriste- ja hyötykasvikantoja, joista muodostuu museokeskuksen perinnekasvikokoelma. Alueella on myös mm. alkuperäisiä hedelmäpuita ja marjapensaita ajalta ennen talvisotaa. Huomattava erityispiirre on Iso-Rasille silloisella Turun kaupunginpuutarhurilla teetetty puutarhasuunnitelma 1920-luvulta, jonka piirteitä on yhä nähtävissä muun muassa lehmuskujanteen ja syreenimajan muodossa.