EU:n toimielimet koostuvat:
- Euroopan parlamentti: 751 (Brexitin jälkeen 705) Euroopan parlamentin jäsentä (meppiä)
- Eurooppa-neuvosto: EU-maiden valtion- tai hallitusten päämiehet, Euroopan komission puheenjohtaja ja unionin ulkoasioiden ja turvallisuuspolitiikan korkea edustaja
- Euroopan unionin neuvosto: Tietystä politiikan alasta vastaavat ministerit kustakin EU-maasta
- Euroopan komissio: Komissaariryhmä eli kollegio, jossa on 1 jäsen kustakin EU-maasta
Lisätietoja:
Euroopan parlamentin työjärjestys (art. 117-122)
Toukokuun vaalien jälkeen parlamentti pitää ensimmäisen järjestäytymisistuntonsa 2.-4. heinäkuuta, jolloin se valitsee itselleen uuden puhemiehen, 14 varapuhemiestä ja viisi kvestoria. Lisäksi järjestäytymiskokouksessa päätetään valiokuntien lukumäärästä, kokoonpanosta ja puheenjohtajistosta. Myös poliittiset ryhmät valitsevat joukostaan puheenjohtajan ja varapuheenjohtajat.
Uudella parlamentilla on ensimmäisenä edessään komission puheenjohtajan valinta. Jo ennen parlamentin järjestäytymiskokousta Eurooppa-neuvoston puheenjohtaja keskustelee uuden parlamentin kanssa siitä, kuka olisi mahdollinen ehdokas tehtävään ottaen huomioon Euroopan parlamentin vaalien tuloksen. Keskustelujen jälkeen 20.-21. kesäkuuta Eurooppa-neuvosto päättää määräenemmistöllä parlamentille annettavasta ehdotuksestaan komission puheenjohtajaksi. Parlamentti valitsee komission puheenjohtajan ehdottomalla enemmistöllä (50% + 1 ääni) toisessa täysistunnossaan 15.-18. heinäkuuta. Jos ehdokas ei saa taakseen vaadittua enemmistöä, Eurooppa-neuvoston on ehdotettava kuukauden kuluessa uutta ehdokasta.
Seuraavaksi on vuorossa muiden komissaarien valinta. Heinä- ja elokuun aikana komission puheenjohtajaehdokas valitsee varapuheenjohtaja- ja komissaariehdokkaansa EU-jäsenvaltioiden tekemien ehdotusten perusteella. EU-maiden johtajien on tämän jälkeen hyväksyttävä ehdokasluettelo. Heinä- ja elokuussa valitaan myös unionin ulkoasioiden ja turvallisuuspolitiikan korkean edustaja, jonka Eurooppa-neuvosto nimittää määräenemmistöllä komission puheenjohtajan suostumuksella.
Syys- ja lokakuun aikana komissaariehdokkaat käyvät kukin heille esitettyä vastuualuetta vastaavan parlamentin valiokunnan kuultavana, minkä jälkeen valiokunta äänestää ehdokkaan soveltuvuudesta tehtävään. Tämän jälkeen parlamentti äänestää kaikkien komissaariehdokkaiden sekä komission puheenjohtajan ja ulkoasioiden ja turvallisuuspolitiikan korkean edustajan hyväksymisestä yhtenä ryhmänä. Lopuksi Eurooppa-neuvosto tekee nimityspäätöksen määräenemmistöllä seuraavaksi viideksi vuodeksi 1. marraskuuta alkaen.
Loppuvuonna Euroopan unionin neuvosto, vasta aloittanut uusi komissio ja Euroopan parlamentti keskustelevat seuraavan viisivuotiskauden prioriteeteista. Joulukuussa komission on lisäksi määrä esittää seuraavan vuoden työohjelmansa. Siinä se kuvaa, kuinka komission poliittisten painopisteiden on määrä näkyä konkreettisissa toimissa. Institutionaalisen muutoksen jälkeen EU-toimielinten agendalla tulevat olemaan mm. monivuotisen rahoituskehyksen budjettineuvottelut, EU:n ja Iso-Britannian tulevat suhteet, pakolaiskysymys sekä EMU:n tulevaisuus.
EU-kriittisten voimien vahvistuminen parlamentissa ja poliittisten enemmistöjen muodostamisen vaikeus saattavat kuitenkin hankaloittaa tilannetta. Siksi onkin mahdollista, ettei uusi komissio ole vielä valmis aloittamaan toimessaan marraskuun alussa. Pahimmassa tapauksessa valinta siirtyisi Kroatian puheenjohtajakaudelle.