Paikallismuseoiden ja alueellisten vastuumuseoiden yhteistyöelimenä toimii Varsinais-Suomen museot - Egentliga Finlands Museer ry. Yhdistyksen kautta museot pystyvät vahvistamaan yhteistyötä Turun kaupunginmuseon ja WAM Turun kaupungin taidemuseon kanssa.
Yhdistys järjestää jäsenistölleen koulutustilaisuuksia ja opintomatkoja. Paikallismuseoiden tunnettuutta edistetään elokuun viimeisenä sunnuntaina vietettävällä Varsinais-Suomen museopäivällä sekä vuosittain myönnettävällä Varsinais-Suomen museoteko -tunnuspalkinnolla.
Yhdistyksen jäseneksi ovat tervetulleita kaikki museotoimintaa harjoittavat tai museokokoelmaa ylläpitävät yhteisöt ja yksityishenkilöt. Muut paikallismuseoiden tukijat voivat liittyä yhdistyksen kannatusjäseniksi.